Los pagos son sólo el principio: Apple ya habla con más empresas para exprimir el NFC de los iPhone 6

Tienes razón, no permiten DE MOMENTO. Pero lee mi comentario #11

Me supongo que la idea de Apple es controlar el NFC de sus dispositivos desde Passbook,por ejemplo,para las empresas de transportes,Apple llega un acuerdo con empresa X de tal modo que simplemente con escanear tu tarjeta con la camara o introduciendo tu numero de socio,la tarjeta de carga en tu cuenta y no es necesario App de terceros,basicamente,o pasas por el aro o pasas por el aro.

Ese para mi es el problema. Seguro que lo hacen de una forma muy fácil, cómoda y amigable, no lo pongo en duda. Pero te han puesto un chip NFC en tu teléfono, que sólo pueden usar ellos y cobrando comisiones cada vez que lo usas. Negocio redondo.

Como bien dices, la idea es controlar el NFC y que pases por el aro. Me viene a la mente el anuncio ese tan famoso de Apple rebelándose contra el gran hermano.

Yo he desarrollado varias aplicaciones corporativas que usan NFC sobre otras plataformas (Android, BlackBerry), donde fundamentalmente se ha usado para control de presencia (fichar entradas, salidas, pasos por puntos concretos, etc).
Más allá de eso el tema de NFC creo que ha sido bastante fracaso hasta ahora, que parece que se ponen todos las pilas cuando Apple ha decidido entrar (otra de las cosas que Jobs dijo que no haría).
Estoy convencido de que Apple hará con NFC lo mismo que ha hecho con Touch ID: sacar en una versión del SO acceso sólo para Apple y en la siguiente liberarlo.
En iOS 7 Touch ID era sólo para Apple, no había API, pero ahora en iOS 8 si que la hay. En iOS 9 seguro que hay API para NFC.
¿Estrategia correcta?
No lo se, pero imagino que primero quieren garantizarle un uso al NFC (y quedarse con ciertas funciones bien atadas para Apple, como los pagos), y luego ya publicar el API para que se puedan aprovechar otras posibilidades.

Estoy convencido de que como bien dices, en versiones posteriores, abrirán APIs para desarrolladores, al igual que lo han hecho con TouchID.

El problema es de momento están impidiendo a otros developers usar NFC, de forma que los usuarios sólo pueden usar su tecnología (Passbook, Apple Pay, etc) de forma que cuando lo habiliten, estará tan arraigada que ya será absurdo plantear otras opciones.

Evidentemente esa es la idea. Y funciona. Una vez Apple Pay empiece a funcionar y se imponga, pasarán a ofrecer otras opciones pero Apple Pay ya habrá adquirido una posición dominante.

Es cierto que Apple llega muy tarde al tema del NFC,pero también es cierto que la competencia no ha sabido o no ha sido capaz de implementarlo entre los usuarios,mas allá del "chocar teléfonos" que también tiene un uso limitadísimo,salvo algunos complementos de Sony que ha sido posiblemente la única que se ha esforzado algo y ha propuesto cosas,para el usuario de la calle el NFC suena a chino.